.NET Framework のネイティブ イメージが無効になる状況と考えられる影響について 

情報源: .NET Framework のネイティブ イメージが無効になる状況と考えられる影響について – Visual Studio サポート チーム blog

Windows Updateなどで参照アセンブリが更新された場合、整合性を取るため、作成されたネイティブイメージは一度破棄され、ネイティブ化が再スケジュールされる。それまで待てない、もしくは動作環境が高負荷で、再ネイティブ科のタイミングが来る事が期待できない場合には、手動でnegenを使って再ネイティブ化を行う。