Git for Windowsでのシンボリックリンク 

git – A fork of Git containing Windows-specific patches.

情報源: Symbolic Links · git-for-windows/git Wiki

簡単にまとめると以下の理由からデフォルトではシンボリックリンクは不使用に設定されています。

  • WindowsのシンボリックリンクはPOSIXとの完全な互換性が無い
  • シンボリックリンクの機能はWindows Vista以降で使用できる機能で、Windows XPで使用できない(以前はXPも動作対象としていた)
  • NTFSに依存しており、FATやExFATで使用できない

簡単に言うとあきらめようなのですが、以上、特にPOSIXとの違いを正しく理解した上で使用するのであれば問題は少ないと思います。

デフォルトONにする場合には以下のように設定します。

git config core.symlinks true

また、Cloneの時に指定することも出来ます。

git clone -c core.symlinks=true <URL>

また、WikiにもあるようにGit for Windows付属のlnコマンドはシンボリックリンクを作るのでは無く、ファイルのコピーをしてしまうので、Windowsのmlinkコマンドを使用します。

追記(2018/02/20)

この記事ももう古いので、以下の@uchoさんのQiitaの記事を参照することをおすすめします。

Git for Windowsでシンボリックリンクを扱えるようにする – Qiita